ABSTRACT:
Introducción: La aparición de múltiples variantes del SARS-CoV-2 durante la pandemia de COVID-19 es motivo de gran preocupación mundial. Hasta el momento, su análisis se ha centrado principalmente en la secuenciación de nueva generación (NGS). Sin embargo, esta técnica es costosa y requiere equipos sofisticados, largos tiempos de procesamiento y personal técnico altamente cualificado con experiencia en bioinformática. Para contribuir al análisis de variantes de interés y de preocupación, aumentar la capacidad diagnóstica y procesar muestras para realizar vigilancia genómica, proponemos una metodología rápida y fácil de aplicar, basada en la secuenciación Sanger del gen que codifica para la proteína Espiga. Métodos: Se secuenciaron 15 muestras positivas para SARS-CoV-2 con Ct<25 por metodologías Sanger y NGS. Los datos obtenidos fueron analizados en las plataformas Nextstrain y PANGO Lineages. Resultados: Ambas metodologías permitieron identificar las variantes de interés reportadas por la OMS. Se identificaron dos muestras como alfa, tres Gamma, una Delta, tres Mu, una Omicron y cinco cepas cercanas al aislado inicial del virus Wuhan-Hu-1. Según el análisis in silico, también se pueden detectar mutaciones clave para identificar y clasificar otras variantes no evaluadas en el estudio. Conclusión: Los diferentes linajes de interés y preocupación de SARS-CoV-2 se clasifican de forma rápida, ágil y fiable con la metodología de secuenciación de Sanger.
Fuente: Enfermedades Infecciosas y Microbiología Clínica
Available online 16 May 2022
